La vallée de la Voise constitue le principal patrimoine naturel de Gallardon. Dans cette vallée s’écoule la Voise ainsi que le canal construit pour acheminer les pierres de construction du viaduc de Maintenon depuis la carrière de Germonval jusqu’au chantier du viaduc. Un écosystème s’est développé dans la vallée constitué d’une faune et d’une flore très riche. On y trouve des espèces végétales rares telles que le « Cyperus Longus L. » (Souchet Long) ou l « Euphorbia maculata L. » (Euphorbe maculée).
Jusqu’au XIXème siècle, les coteaux de Gallardon étaient plantés de nombreux vergers de pommiers et deux espèces locales de pommes à couteaux étaient très répandues : La Finette et la Michotte. On en trouve encore quelques arbres sur le territoire de la commune.
